Các sản phẩm phần mềm máy chủ ứng dụng thường sử dụng các phần mềm trung gian (middleware) để hỗ trợ ứng dụng giao tiếp lẫn nhau giữa các ứng dụng phụ thuộc như máy chủ Web, hệ thống CSDL và các phần mềm vẽ biểu đồ. Một số phần mềm máy chủ ứng dụng cung cấp API (giao diện lập trình ứng dụng) cho phép chúng độc lập với hệ điều hành. Cổng điện tử (portal) là một cơ chế phần mềm máy chủ ứng dụng phổ biến cung cấp một điểm truy cập tới nhiều ứng dụng khác nhau.